Una explicacion detallada de la cronologia gracias a Escuadron Pikmin:
Primera Línea Temporal: El Origen Skyward Sword: Todo tiene un inicio que se resume en los hechos ocurridos con Skyward Sword hasta donde podemos saber. Aún no podemos delimitar si estamos hablando del primer héroe en la progresión total del tiempo o existe un origen anterior, hilado a su vez al origen de la raza Hyliana.
Minish Cap: El Reino de Hyrule es ya totalmente terrenal. Se da explicación al gorro puntiagudo que lleva siempre el héroe de la leyenda, y además se introduce a Vaati, el mago oscuro que al final del juego es derrotado.
Four Swords: Vaati revive del sello que lo mantenía preso por la Espada Cuádruple, que hace que nuestro protagonista se divida en cuatro para hacer frente a la amenaza del malvado contra Hyrule.
Ocarina of Time: La historia de este título ya nos la conocemos de sobra, pero es aquí donde todo se comienza a complicar. Se supone que todo ocurre justo después de que una Guerra Civil desembocase en un periodo de paz. Como bien quedó indicado antes, se abrían tres vertientes diferentes de lo que podía haber ocurrido posteriormente con la historia del Héroe del Tiempo que viajaba siete años al tomar la Espada Maestra.
Segunda Línea Temporal: Opcion AGanondorf es derrotado y Link vuelve a ser niño, tiene un encuentro con Zelda y se embarca en un viaje.
Majora’s Mask: Mientras busca a Navi, acaba envuelto en una aventura a muerte por salvar al mundo de la caída de la Luna contra la Tierra, luchando para bloquear el poder de la Máscara de Majora. Aquí también tiene lugar (de trasfondo no mostrado al jugador) la ejecución de Ganondorf que cobra sentido justo un poco más adelante.
Twilight Princess: El descendiente del héroe conoce a Midna y tiene que salvar al Reino de Hyrule de la maldición del mundo del Crepúsculo que se cierne sobre él y que lo tiene sumido en las sombras, provocada por Zant. Al final, el orden es restaurado al romper el vínculo entre ambos mundos después de que Zant muera antes de hacerlo Ganondorf, volviendo Midna a su reino originario.
Four Swords Adventures: Se producen la resurrección de Vaati y Ganondorf. La historia queda abierta hacia lo que puede ocurrir en el futuro.
Segunda Línea Temporal: Opción BLink adulto se enfrenta a Ganondorf, pero en medio del combate, el Héroe del Tiempo es derrotado y fallece. Por tanto, se produce una era en el que no existe un elegido para proteger el mundo, se desata la guerra y Los Siete Sabios sellan a Ganondorf junto al poder de la Trifuerza.
Link to the Past: El mago Aghanim trata de revivir el poder sellado de Ganon, pero Link viaja a través del Mundo de la Oscuridad para derrotarlo y evitar la catástrofe.
Oracle of Ages/Seasons: El final compartido de ambas versiones termina con Link abatiendo a un Ganon revivido de manera incompleta, y liberando a Zelda del sacrificio al que iba a ser sometida. En el epílogo, se puede ver a Link subido a un barco que abandona el puerto.
Link’s Awakening: Nuestro protagonista parte de viaje en barco cruzando el mar busca de tierras inexploradas, pero una misteriosa tormenta lo hace naufragar en la isla Koholint, en la que tiene que despertar al Pez del Viento para escapar y volver a casa. El sueño del Pez del Viento, resulta ser también su propio estado de sueño. Todo es una misteriosa quimera que deja en nuestro protagonista una sensación demasiado real.
The Legend of Zelda (I): Ganon vuelve a poner al reino en jaque y Link tiene que unir las piezas desperdigadas de la Trifuerza para hacerle frente de nuevo.
Zelda II Adventure of Link: Años más tarde, la Princesa Zelda cae en un profundo letargo del que no puede despertar, con lo que el héroe va tras su propia sombra, que cobra vida propia y parece ser la clave de la maldición que ocasiona que la muchacha no pueda despertar. Tiene éxito de nuevo y consigue que Zelda abra los ojos. A partir de aquí la historia se prolongaría a lo que pueda ocurrir en el futuro.
Cuarta Línea Temporal: Opción CLink adulto se enfrenta a Ganondorf y lo elimina, haciendo que este pueda ser sellado por los Siete Sabios. Muchos años después, se produce una etapa en la que no existe un héroe para proteger el mundo, y Ganondorf se libera del sello, emergiendo de nuevo y sembrando el caos. Las Diosas deciden entonces inundar mediante un diluvio el Reino para librarse del malvado, dejando unas pequeñas islas emergidas en el Gran Mar con los últimos supervivientes.
The Wind Waker: Ganondorf resurge de nuevo y trata de vengarse de Link y Zelda (escondida bajo la falsa identidad de Tetra). El Héroe del Viento reúne los pedazos desperdigados de la Trifuerza del Valor gracias a la ayuda de un barco de vela parlante, Mascarón Rojo (que en realidad es el Rey de Hyrule) y se adentra en el Reino sumergido bajo las aguas. A pesar de que Ganondorf acaba siendo eliminado (quizá definitivamente) el Reino de Hyrule queda sumergido para siempre por pretensión del Rey, que quiere que Link y Tetra/Zelda funden un nuevo reino, por lo que se embarcan hacia lo desconocido para encontrar una Nueva Tierra.
Phantom Hourglass: En medio de su travesía, Tetra es raptada por un barco fantasma controlado por un espíritu maligno. Link lo borra del mapa tras una larga epopeya siguiendo los consejos de un viejo anciano que resulta ser el Rey del Mar, que había visto reducidos sus poderes. Todo concluye cuando Link y Tetra abandonan aquellas aguas, que se desvanecen como si nunca hubiesen existido y prosiguen su viaje.
Spirit Tracks: Por fin un nuevo Reino es fundado. La historia se traslada muchos años después, cuando el descendiente del héroe tiene que restaurar las vías sagradas y devolver a su cuerpo el espíritu de Zelda, raptado por el Ministro Makiavelo. La historia queda abierta a lo que pueda suceder en el futuro.
Índice 
. Me parece mas lógica la opción C. Eso si: la moda de resucitar malos míticos "porque si" empieza a resultar cansina.
